膽囊結石最常見的手術處理方式是腹腔鏡下膽囊切除術，目前是膽囊結石手術的金標準，已經得到廣泛的認可。對於某些膽囊結石的患者可以行腹腔鏡下保留膽囊的結石取石術，手術指症應當嚴格掌握。術後需要口服熊去氧膽酸，整體複發率較高，原則上不建議。急性結石性膽囊炎的患者如果腹腔鏡處理困難，需要中轉開腹，以免損傷膽總管引起嚴重的後果。

膽囊切除困難的患者可以行膽囊部分切除以及膽囊造瘻術，手術方式更加安全。膽囊造瘻術的患者在炎症消退後3個月再考慮手術治療。膽總管結石的患者應當考慮腹腔鏡下膽總管切開取石、T管引流以及ERCP的處理方式。

肝內膽管結石，直徑較小，沒有症狀，可以觀察。必要時可以行經皮肝穿刺膽道進行取石，或者肝葉切除術。