傳統手術也有併發症，腔鏡手術同樣也可能存在併發症。隨著技術的嫻熟，腔鏡手術併發症與傳統手術併發症相比，並沒有很明顯的提高，一個是醫生的技術水平提高，另一個是由於設備器械的發展。

腔鏡手術除了有傳統手術切除的併發症以外，還有自己所特有的相關併發症，比如做腔鏡手術的時候，要向腹腔灌注二氧化碳氣體，該氣體就有可能被腹膜吸收，而產生皮下氣腫，甚至有氣胸，甚至手術中可能由於血管損傷以後，氣體會跑到血管中，形成氣栓。

另外，腔鏡手術本身所具備的併發症，與開腹手術也一樣，即手術中可能會引起出血，手術後會引起感染，這些常見的併發症都是與傳統的手術所共有的。

腔鏡手術由於手術當中，手不能在腹腔中觸摸，所以有時候在周圍組織的分離過程中，會容易損傷到周圍臟器，這也是腔鏡手術需要注意的事項。