膽結石引起的轉氨酶升高，最好的治療手段是手術切除、取淨結石，可使肝功能得到有效恢復。膽結石分為肝內膽管結石和肝外膽管結石，不論是肝內膽管，還是肝外膽管，遭到結石阻塞後，可引起膽管炎症，甚至可出現梗阻性黃疸，均可導致肝功能異常，肝功能損害可導致轉氨酶升高。

轉氨酶升高是外科因素引起，最佳的治療手段是外科手術，外科手術打開患者腹腔後，將膽道進行一定程度的探查，儘量在手術過程中取淨結石，將阻塞膽管的結石取淨後，膽汁的排放途徑得到正常恢復。如果有必要，可對萎縮或者是懷疑有癌變的肝葉、肝段進行切除。通過一系列的外科治療後，去除結石因素的病因，再結合對症治療，患者的肝功能異常，如轉氨酶增高的表現可恢復正常。