治療腦血栓後遺症的藥物有很多，主要有以下幾方面：

1、預防腦血栓再復發的藥物，常用的有抗血小板聚集治療如阿司匹林或硫酸氫氯吡格雷，防止患者再發生血栓的問題。

2、針對基礎疾病進行用藥，要嚴格降壓、降糖、降脂治療，要服用阿託伐他汀鈣片或瑞舒伐他汀鈣片，降脂、穩斑、保護血管內皮。

3、針對患者後遺症使用具有活血化瘀、促進腦神經功能恢復、改善腦代謝的藥物。臨床上常用的包括蛭蛇通絡膠囊、複方地龍膠囊、銀杏酮酯滴丸、血塞通片、脈血康類，還有改善腦代謝的胞磷膽鹼鈉片、奧拉西坦膠囊、腦蛋白水解物片。