腦血栓醫學上稱為腦梗死，治療時間窗在急性期時在六小時之內。患者有靜脈溶栓指徵，常用靜脈溶栓藥物是阿替普酶，阿替普酶的時間窗是3-4.5小時之內。國產尿激酶在六小時之內可以靜脈溶栓，指徵是顱內壓小血管閉塞，如果顱內大血管閉塞，靜脈溶栓可能溶不通。如果大血管閉塞，可以採取取栓辦法，即從大腿根部麻醉穿刺，由導管送入顱內，通過導管送入血栓的支架，可以把血栓拿出來，讓血流再通。

另外，如果患者6-24小時符合相評估要求也可以取栓，取栓以後血流再灌注以後，對腦梗死的恢復有大收益。除取栓之外，患者也可採用抗血小板治療，如果溶栓要24小時以後，有複查頭部CT沒有出血轉化，可以接著抗血小板治療。常用治療方案有他汀類藥物降脂、穩定斑塊等，前提是排除靜脈溶栓和取栓禁忌症。