對於腦血栓的二次復發，急性期要給病人積極的治療，檢查病人的血液情況，如果病人存在高纖維蛋白原血癥，可以給予病人靜脈應用巴曲酶。如果病人存在血小板增多，還可以給予病人抗血小板聚集的治療，比如口服阿司匹林或靜點奧扎格雷鈉。

腦血栓二次復發，要給病人活血化瘀的藥物，臨床上常用的有舒血寧注射液、注射用血栓通以及長春西汀等藥物，可以給予病人應用清除氧自由基、腦保護的藥物，臨床常用的有依達拉奉注射液、丁苯酞注射液。經過急性期的治療，如果病人的病情穩定，還可以進行康復治療，建議病人要進行系統的康復治療，同時要積極的啟動腦血管的二級預防，預防腦血栓的再次發生。