肝外膽管結石應該與肝內血管鈣化灶、膽管內氣體積氣以及肝內海綿狀血管瘤相鑑別，急性化膿性膽管炎反覆發作導致肝組織纖維化，肝核素掃描可以出現放射性缺損區，需要與腫瘤引起的佔位性放射性缺損相鑑別。存在黃疸、急性膽管炎表現，應該與病毒性肝炎與膽道腫瘤鑑別，鑑別方法如下：

1、實驗室檢查：血清膽紅素升高、尿中膽紅素升高、尿膽原降低或者消失、糞便中尿膽原降低，肝功能提示直接膽紅素升高；

2、影像學檢查：超聲、CT、核磁共振可顯示肝總管和膽總管結石。

肝外膽管結石鑑別診斷時影像學診斷的磁共振是一種無創檢查，如核磁胰膽管成像是一種較好的直觀檢測方式。