肝外膽管結石術後最常見的併發症是結石殘留，一旦發生結石殘留，如果有T管竇道，可以於手術後8周通過T管把結石取出。但如果手術後沒有T管竇道，可以通過十二指腸鏡從口腔將結石取出。所以肝外膽管結石一旦出現併發症，找有資質的醫院可以很好地解決。第二個併發症是腹腔膿腫，現在科技比較發達，可以通過CT或者B超定位，從腹腔外經皮穿刺，把膿腫引流，從而達到治癒。