肝外膽管結石的治療分為兩種主要的情況：
1、肝外膽管合併膽囊結石患者可採用雙鏡聯合或者三鏡聯合的方式做一期化治療。尤其是在擇期手術中，可進行膽囊切除，經膽囊管或膽總管切開，將結石取出；
2、單純肝外膽管結石，可採用ERCP的方式，在胃鏡引導下，通過導絲進入肝外膽管造影，然後用取石網籃，取出結石，要求結石＜1cm，避免括約肌的損傷，保留括約肌的功能，提高患者生活質量。