肝膿腫常見併發症為腹腔感染、肝功能衰竭、膽道出血、應激性潰瘍、下肢深靜脈血栓形成等，肝囊腫主要表現為肝臟局部膿腫屬於炎性反應，若炎症沒有得到有效控制，可出現腹腔內甚至全身播散造成侷限性腹膜炎或者全腹腹膜炎。若膿腫侵蝕到膽道血管可出現膽囊出血，當感染進一步加重甚至可誘發應激性潰瘍導致肝臟功能衰竭，患者可出現轉氨酶、膽紅素急劇升高，同時肝膿腫屬於消耗性疾病，患者可能在長期臥床治療過程中出現深靜脈血栓。

在肝膿腫治療過程中，需要對肝膿腫病因進行治療，通過穿刺引流、局部沖洗以及抗生素等方法進行治療，通常可有效控制病情。當患者出現相應併發症時，可採取相應治療措施，比如腹腔感染時需要進行引流，肝功能衰竭需要採取保肝、護肝治療，深靜脈血栓時需要採取溶栓治療，應激性潰瘍時需要使用洛賽克類保護胃黏膜藥物治療，以消除患者不良症狀。