肝膿腫引流管拔除的標準是膿腫腔明顯變小，感染已得到控制，沒有明顯的感染相關症狀，包括腹痛、發熱，驗血指標基本正常，引流液基本消失或非常清亮。

肝膿腫的治療包括抗炎、輸液，大多數肝囊腫無需引流即可獲得控制。但是對於較大的肝膿腫或治療無效或感染症狀較重的肝膿腫，需要通過穿刺引流將膿液引出到體外。同時進行膿液的細菌培養，篩選出敏感抗生素，進行藥物調整，有助於感染的控制。

絕大多數的肝膿腫患者在引流之後，感染症狀可以得到快速的控制。引流液早期為膿性，逐漸變成淡黃色的、清亮的液體，此時提示膿腫已經得到控制。