細菌性肝膿腫最常見的致病菌是腸道細菌，而其中最常見的是大腸桿菌。肝膿腫發生的原因主要有身體抵抗力下降和存在感染渠道。

門靜脈系統和腸道相連，如果患者存在痔瘡、肛瘻、闌尾炎等感染性疾病的情況下，細菌通過血液迴流到肝臟，通過門靜脈感染肝臟，細菌感染的肝臟發炎則會形成細菌性肝膿腫。腸道感染時，腸道細菌也可以導致細菌性肝膿腫。