肝膿腫痊癒的時間跨度可長可短，短則7-8天，長則可能半年，或1-2年都不能痊癒。另外還可能會出現反覆發作，故痊癒時間長短不一。

在肝膿腫的早期，會出現急性感染、高熱、嚴重消耗，此時症狀可持續1-3周，到第3周時體溫才可逐漸降低。液化前無法進行穿刺或者手術引流，只能靠藥物治療，如果找到原發病菌，比如由細菌性痢疾導致，可進行腸道細菌藥敏試驗來明確用藥。在糖尿病基礎上發生的肝膿腫，控制血糖相對較難，因為感染可引起血糖升高，血糖升高後感染也會加重。待用藥1-3周後，若膿腫液化後仍在發熱，可行膿腫穿刺引流，如果膿腫為單個巨塊型，且沒有分隔，穿刺後可引流出幾百毫升膿液，病人體溫會立即降低，術後繼續沖洗，可很快得到好轉。但膿腫消退較難，待所有膿腫消除，拔除引流管，肝臟仍會有疤痕，大概半年可消失。術後拔管後，該部位或其他部位較易復發，需控制好血糖，避免疲勞、營養不良等。另外，遷延不愈的患者需開刀進行引流，引流後應住院半個月左右，引流後需沖洗，即外科處理。如果拔管後膿腫轉好，一般在3個月至半年，膿腫可完全消失，複發率較低。