肝膿腫的首選治療方法是在超聲引導下經皮經肝穿刺引流。一般情況下，如果病人沒有凝血功能的障礙，沒有出血性疾病，該方法非常安全，一般不會考慮患者會有明顯大出血。但在治療過程中，穿刺過程中要注意有少部分肝膿腫是膽源性肝膿腫，因此膿腫與膽道相通，穿刺之後可能會有膽瘻，病人癒合會比較慢。另外有一種情況，由於膿腫，患者治療的時間比較久，由於在穿刺的過程中引流管的管頭可以通過摩擦，有時會損傷到肝臟和膽道周圍的小血管、小動脈或門靜脈小分支可能會出現出血。處理也比較容易，通過血管介入的方法找到出血點，對其進行栓塞。但是由於栓塞之後，局部肝組織出現血運障礙，該部分組織會液化，因此治療時間會相應延長。有少部分病人由於膿腫壞死，由於肝組織壞死的範圍比較大，膿腔擴大，最後要通過手術的辦法去清理膿腫、膿液。