根據肝膿腫的類型，分為細菌性肝膿腫和阿米巴性肝膿腫，其病因有所不同，具體如下：

1、細菌性肝膿腫：全身各部位化膿性感染，尤其是腹腔內感染，可以通過下述途徑進入肝臟，即膽道、門靜脈、肝動脈、創傷、異物、鄰近器官蔓延所致。膿液培養提示，革蘭氏陰性菌多於革蘭氏陽性菌，常見為大腸桿菌、鏈球菌和葡萄球菌，機體抵抗力減弱也是本病發病的重要內因；

2、阿米巴性肝膿腫：多是由於阿米巴病蟲侵入肝臟後引起，是一種傳染性疾病，一般經糞-口途徑傳播，多見於溫熱帶，農村較城市多見。