如果位置、大小允許，可多次使用肝癌消融術。肝癌消融術在超聲引導下通過一根探針進入肝臟腫瘤起到殺傷作用，通過微波、熱療或激光進行殺傷，但僅針對局部組織細胞，對整體肝臟創傷相對較小，也對肝臟損傷組織較少。如果肝癌復發或原來多發，可反覆進行消融。
會有部分情況導致消融不徹底，如肝癌附近有大血管，由於大血管會帶走部分熱量，達不到必須的溫度，或腫瘤＞5cm。通常腫瘤低於3cm或3個以下，可考慮選用消融手術。