胰腺囊腺瘤術後併發症有胰瘻、出血、腹腔感染、糖尿病、腸瘻、消化不良、腸粘連、腸梗阻，以及腫瘤復發等。如果囊腺瘤出現惡變，可能需要進一步治療或處理。胰腺囊腺瘤術後常見併發症為胰瘻，分以下情況處理：
1、如果為無功能的胰瘻，通過引流可好轉；
2、如果為有消化功能的胰瘻，會腐蝕周圍臟器引起出血、感染可能。
根據以上情況需進一步觀察胰瘻量有無局部累積，如果累積在腹腔內，需通過各種方法引出體外。囊腺瘤手術後有部分人出現復發風險，黏液性囊腺瘤是低度惡性腫瘤，惡變需按胰腺癌的診治方案處理。