肝門部膽管癌手術切除率相對較低，以前切除率達到10%-15%，雖然現在技術提高，但是對於不同中心、不同醫院，不同醫生，切除率也不同，所以治癒率不同。肝門部膽管癌經過手術切除，部分患者可以治癒，雖然治癒率相對較低。

現在還能做到R0切除，患者的治癒率可能會稍高，術後還可以做配合輔助治療、化療等，使更多患者得到治癒。但是肝門部膽管癌總體治療效果並不好，因為肝門膽管癌治療效果多與病理方面有關。腫瘤長在肝門部時切除率相對低，很難做到R0切除，所以治癒率會差。手術要做半肝切除甚至超過半肝的切除，所以屬於較大的手術。