肝門膽管癌的病因如下：

1、肝膽管結石：研究表明，肝門膽管癌與肝膽管結石有關，1/3的肝門膽管癌患者合併膽管結石；

2、富含亞硝胺的飲食：可能誘發肝門膽管癌；

3、其他疾病因素：進食生魚片易導致華支睪吸蟲病及先天性膽管囊腫疾病，可造成肝門膽管癌發病率增高，原發性硬化性膽管炎患者由於長期慢性炎症刺激膽管，膽管癌發病率也將增高。