良性腫瘤一般來說治療效果比較好，多數腫瘤能夠切除比較徹底，在手術切除後很多能夠達到臨床治癒的效果。但在腦部的良性腦腫瘤，因為腫瘤包饒腦部重要的血管或者與腦部重要的結構包裹粘連，導致良性腦腫瘤有很大一部分並不能徹底切除，殘留的腦腫瘤還有繼續生長的風險。即使良性的腦腫瘤達到了顯微鏡下完全切除的程度，也有很大一部分還是會在長期的隨訪中發現腫瘤復發。
　　復發的良性腦腫瘤多數還是和以前的病理類型和級別一樣，也就是說多數還是良性。但是，也有一小部分良性腫瘤在復發後出現惡性轉換的傾向，從良性的腦腫瘤轉變為惡性的腦腫瘤，導致再次治療的效果明顯變差，甚至到無法治癒的境地。
　　但是，還有另外一種情況，就是良性腦腫瘤經過一段時間的治療後，在原來良性腫瘤的附近又有腫瘤長出來，以為是良性腫瘤的復發，實際是新發生的惡性腫瘤。46歲的何先生20年前因為腦部垂體瘤，經過了手術治療，但因為腫瘤還有殘留，又採取了伽馬刀治療，以後磁共振複查顯示腫瘤控制良好。但是近期何先生卻出現了頭痛等症狀，而且越來越嚴重，腦部複查的磁共振發現原來垂體瘤的位置並沒有明顯的腫瘤復發，但是緊鄰原來腫瘤位置附近出現了一個新的腫瘤，難道是原來的腫瘤在附近又“復發”了嗎？何先生再次進行了手術治療，徹底切除這個腫瘤後，何先生頭痛的症狀很快改善，但是切除下來的腫瘤診斷為“腎外惡性橫紋肌樣瘤”，一種在腦部罕見的惡性腫瘤。
　　腦部的良性腫瘤即使手術切除後也需要定期複查，早期發現腫瘤的可能復發並及時處理。良性腦腫瘤手術切除後不但要定期複查早期發現可能的腫瘤復發，還需要警惕再發的第二腫瘤，這種腫瘤類型和性質與原來良性腫瘤不同，更加需要及時的治療與處理。