隨著腹腔鏡、膽道鏡、十二指腸鏡在臨床的廣泛應用，膽總管結石的治療更趨於微創化。幾乎所有的膽總管結石均可進行微創手術，需要依據結石位置、大小，醫院的技術條件、醫生的技術水平決定微創治療手段。

常見的微創手術包括腹腔鏡膽囊切除，聯合腹腔鏡下膽總管切開取石、T管引流，或腹腔鏡膽囊切除、經膽囊管膽道探查，以及腹腔鏡膽囊切除聯合十二指腸乳頭切開取石等。選擇何種治療手段需要醫生判斷，如手術以後發生的膽總管結石，一般首選ERCP，恢復會更快。