膽囊切除術後發現膽管結石，需要根據術後時間、結石大小、是否有症狀，決定具體的治療方式。如果術後早期發現的膽管結石，通常是術前存在結石沒有發現，或者手術過程中掉入膽總管的結石，通常會誘發明顯症狀，大多數需要儘快處理，一般首選內鏡逆行胰膽管造影檢查結石，擴大Oddi括約肌，或者部分切開進行取石治療。若結石較小，如3.5mm以下的結石，且患者沒有症狀，結石可能自行排出，可以選擇先觀察，適當配合熊去氧膽酸、複方阿嗪米特等藥物，有可能促進結石溶解，甚至排入腸道。

對於遠期發生的膽總管結石，需要根據患者的具體情況而定。若患者年齡比較適合，身體狀態較好，膽管擴張較明顯，可以考慮做腹腔鏡下膽管切開取石，避免破壞Oddi括約肌，減少術後再次發生結石和反流性膽管炎的概率。而年紀較大的患者，尤其是反覆發作結石的患者，可以考慮切開Oddi括約肌取出結石。