B超是診斷膽管結石的首選方法，通過B超可以明確膽管結石大小、部位，位於肝內膽管還是肝外膽管，同時CT檢測可清楚顯示肝內膽管結石、肝門結石與其周邊結構的關係、膽管擴張程度，肝臟是否增大，肝臟是否萎縮。系統觀察CT，可瞭解結石在肝內膽管中的分佈情況。

另外還有X線膽道造影，是診斷肝內膽管結石的有效方法，一般通過一系列的檢查，可做出比較正確的診斷。另外，磁共振、膽道造影屬於無創性檢查，不需要十二指腸鏡即可診斷肝內膽管及肝外膽管結石，對膽管結石有較大的診斷價值。