相對於肝外膽管結石或膽囊結石，肝內膽管結石的治療較為複雜。肝內膽管結石稱為肝膽管結石，我國較多見，屬於較難治的膽道疾病。無症狀膽管結石無需治療，定期觀察隨訪。若患者的臨床症狀反覆出現，應進行手術治療，手術原則為儘可能取淨結石，解除膽道狹窄或膽囊梗阻。此外還需去除結石部位和肝臟病灶，恢復並建立膽汁引流通道，防止結石復發。手術治療措施包括經膽道鏡下進行肝內膽道取石，激光和超聲碎石等。大多數肝內膽管結石患者，經過積極治療後可治癒。

肝內膽管結石的發病原因較為複雜，主要與膽道感染、膽道引流不暢、營養不良等因素有關。多數患者可出現上腹部和胸腹部脹痛不適，隨著病情發展可引起急性膽管炎，導致患者出現寒戰、高熱或腹痛，反覆發作的膽管炎可以導致肝膿腫。若患者反覆出現寒戰、高熱或腹痛等症狀，應進行超聲檢查或MRCP檢查明確診斷。