在臨床上針對腦梗死的治療，主要是分為兩個階段，急性期主要是進行抗栓、抗凝、取栓等一些相關治療措施的應用。在恢復期及患者的二級預防階段，給予患者抗血小板、降脂藥，比如阿司匹林、辛伐他汀等一些相關藥物使用。

與此同時，相關口服藥還包括給予患者降低血糖、降低血壓等相關藥物治療，比如降糖藥物當中的二甲雙胍以及胰島素，降低血壓過程當中所涉及到的氨氯地平、硝苯地平等。腦萎縮多是一種生理性退行性變，多見於年老患者，在治療上可以早期給予改善腦代謝、疏通血管的相關治療用藥，比如常用的藥物包括奧拉西坦、吡拉西坦、胞二磷膽鹼等。

在改善腦血液循環方面可以用疏血通、舒血寧等用藥。此外腦梗塞患者在後期也可以出現腦萎縮的相關症狀，在治療上也主要是給予患者進行腦血管的二級預防藥物應用，與此同時可以加用改善腦循環、改善腦代謝的治療藥物。