膽管結石的手術治療是進行膽管切開取石，或者是針對肝內膽管結石需要聯合肝部分切除。膽管結石包括肝內膽管和肝外膽管結石，肝外膽管結石由於結石位於膽管的中下段，會引起膽汁排出不暢、膽道梗阻，繼而合併細菌感染引起化膿性膽管炎，所以肝外膽管結石一經診斷，儘早外科手術治療。

傳統的是開腹，進行膽管切開取石。目前大多數膽管結石可以通過腹腔鏡進行微創取石，在腹腔鏡直視下將膽管切開，放入膽道鏡，在膽道鏡的觀察之下，通過特殊的取石器械將結石取出，膽管結石取乾淨之後將膽管進行縫合，可以放置膽管內的引流管，也可以直接縫合。肝內膽管結石處理要更為複雜，由於肝內膽管結石可能會引起膽管的閉塞、肝臟周圍的纖維化，甚至是腫瘤，所以必要時要進行聯合膽管和周圍肝臟的部分切除。