膽總管結石ERCP取石後近期可能會出現術後急性胰腺炎、出血、穿孔、膽管炎等併發症，需在住院期間觀察和治療。遠期可能出現的問題包括膽總管結石復發、反覆發作急性膽管炎、胰腺炎、十二指腸乳頭狹窄，極少數患者會發生膽管癌，最常見為膽總管結石復發，一般在10%左右。因為十二指腸乳頭被打開，膽總管和腸道相通，腸內液體、食物有可能進入膽總管從而再次形成膽總管結石，一旦感染會形成急性膽管炎。

若結石復發則需要再次行ERCP治療，部分患者可能在ERCP術後出現腹脹、腹部隱痛、稀便、大便次數增多等消化不良症狀，一般症狀較為輕微，隨時間逐漸好轉。患者可以通過調整飲食結構和保持健康生活習慣改善症狀，症狀明顯的患者可以諮詢醫生服用對症藥物治療，症狀緩解後即可逐步停藥。