肝膽管結石存在癌變可能，但概率較低，可能不足1/10000，肝內膽管結石引起的腫瘤是由於慢性、長期刺激導致。

膽管結石往往因局部狹窄，在此基礎上形成膽管結石。膽管結石成分非常複雜，對膽壁會形成慢性刺激。久而久之其中極少數人會出現癌變，概率確是非常低，患者不必過於緊張。

因為膽道系統就像樹枝，枝繁葉茂，往往小分支由於堵塞、狹窄，或者先天形成的小結石，這種情況對整體的肝臟不會產生影響。只要結石未移動至膽總管堵塞總幹道則無太大問題，肝內膽管結石通常無症狀，患者如有疼痛或疼痛劇烈，往往由其他因素引起。