門靜脈血栓形成是相對嚴重的併發症，臨床醫生應針對血栓形成的不同階段，給予相應治療。門靜脈血栓形成的治療，主要包括急性期的溶栓與抗凝處理，以及針對慢性期的併發症控制，具體如下：

1、溶栓處理：在門靜脈血栓形成初期，此時可通過積極的溶栓治療，有可能使血栓重新溶解，讓門靜脈再通。可藉助於增強CT，以及其他檢查的指標，對門靜脈血栓進行評估，在有指徵的情況下，積極進行溶栓處理，並通過抗凝藥物，維持治療；

2、抗凝治療：當門靜脈血栓形成時間較久，已經發生機化時，用溶栓處理效果不大，此時可繼續應用抗凝治療，來控制血栓形成的進展。同時對門靜脈血栓形成可能導致的併發症，進行評估；

3、控制併發症：可通過化驗血常規、凝血等檢查，判斷患者的凝血功能狀態、脾功能亢進程度。通過做胃鏡檢查，瞭解患者門脈高壓導致的食管胃曲張血管情況。再針對此類情況，必要時進行處理，預防相關併發症的發生。