乳腺癌PAM50分型是乳腺癌的分型工具，能夠更加細緻地明確乳腺癌患者的分子分型。分子分型對於乳腺癌的患者抑制性比較強，就算患者的分期和分級完全相同，但是患者的預後和治療方式也不同。分子分型可以用免疫組化的方式進行分子分型，也可以用PAM50基因檢測的方式進行分子分型，只是檢測深度不同。免疫組化對乳腺癌的分子分型，細緻程度沒有PAM50深，其檢測的是細胞表面的蛋白質，而PAM50是通過基因檢測的方式，去計算患者的分子分型。

免疫組化和PAM50這兩種方法，對於乳腺癌患者的分子分型，絕大多數患者能夠完全重合，但是有一小部分患者的分子分型不重合，來源於臨床過程中，發現有特別少的患者內分泌治療較為敏感，但是病情卻出現快速進展，其中部分原因是其基因水平的分子分型並非激素受體敏感，但此情況較為少見。

絕大多數的患者採取的都是免疫組化的方式，去明確分子分型，從而指導內分泌治療、靶向治療等其他治療，也是指南推薦的標準的操作。對於比較尖端、前沿的PAM50的基因檢測方式，去判斷乳腺癌分子分型，並沒有廣泛應用於臨床，目前在國內並未上市PAM50的檢測方式，而且其檢測成本較高。