小腦扁桃體下疝合併脊髓空洞症的治療方法，主要是手術治療。小腦扁桃體下疝合併脊髓空洞症，在臨床上相對來說是比較常見的一種複雜顱底畸形，主要多見於脊柱神經外科。

手術治療方式主要包括後顱窩減壓手術、硬腦膜擴大減張縫合手術，必要的時候還要做腦積水以及脊髓空洞症的內引流手術。一般來說，像這種疾病早期發現早期診斷早期手術治療效果比較理想。所有的手術都不能夠徹底的治癒這種疾病，只能夠延緩病情逐漸加重，阻止病情進一步發展。如果沒有儘早手術，可能預後不佳。