功能性消化不良臨床上沒有明顯器質性病變，大部分患者沒有嚴重後果，其危害主要有以下幾方面：

1、可能隱藏有其他器質性病變，如胃癌；也可能患有其它疾病，如甲減等；

2、長期消化不良，可能會引起營養不良，引起其他疾病。

功能性消化不良是所有消化道疾病最起初的症狀，及時發現及時醫治，可以有效的將疾病控制在最小的範圍內。