乳腺導管內乳頭狀瘤的主要與以下疾病進行鑑別診斷：1、以乳頭溢液為主要首發症狀的導管擴張症；2、乳腺炎症性疾病；3、腫瘤性病變，如以主要乳頭溢液首發症狀的乳腺導管癌。這需要通過以下方面進行鑑別：1、通過溢液的細胞學檢查，陽性率比較低；2、通過乳腺超聲檢查，能夠發現乳腺導管內低迴聲的物體，如米粒大小的腫瘤；超聲除導管擴張以外，還有低迴聲的小腫瘤，來鑑別這種炎症與導管瘤；3、導管鏡檢查為比較直接的檢查方式，可以直接看到腫瘤，與炎症來進行鑑別；4、鉬靶檢查也可以鑑別導管瘤與乳腺癌。乳腺導管打完造影劑以後，可以明顯的看到乳腺導管內有個隆起，可以明確導管內乳頭狀瘤的診斷，另外通過拍鉬靶也可以排除有鈣化或者有腫塊的導管癌；5、乳腺的磁共振檢查，對於乳腺很小的導管內乳頭狀瘤鑑別意義不是太大。如果出現導管內乳頭狀瘤的惡變，乳腺磁共振檢查會有一定價值。