對於乳腺導管內乳頭狀瘤，現在絕大多數的只有通過手術可直接將導管內乳頭狀瘤切除。導管的乳頭狀瘤通常體積很小，多數時候可能為1-2mm，有時甚至切下來以後用肉眼都無法看清。但現在檢查的手段很多，可以通過乳管鏡發現，並且可以通過乳管鏡放置導絲、標誌，然後找到標誌，進行完整的切除。

導管內乳頭狀瘤實際上多數時候屬於多發，因此切除的範圍可能需要稍微擴大，並且取出的辦法仍為手術切除。此外也可以通過乳管鏡應用激光把腫物燒除或者通過乳管鏡用活檢鉗將乳頭狀瘤鉗出，但均為非常少用的方法，因為很多醫院並沒有配備的器材，比如應用激光灼燒的器材無法取得病理組織，所以存在一定的侷限，因此大部分醫院仍通過手術的方法將其去除。