腦血栓因為所採取的手術方式不同，患者所面臨的風險也有一定差異，常見如下：

1、溶栓和取栓手術：對於腦血栓形成時間比較短的患者，可以考慮通過介入溶栓或者取栓的方法進行治療。在進行溶栓和取栓之後，由於恢復了局部腦組織的血液供應，有可能會發生一過性的灌注壓突破，從而造成動脈供血區的腦出血。同時由於取栓的栓子也有可能脫落，從而造成供血動脈遠端其他部位的多發梗塞，或者由於栓子脫落並且進入到其他血管，從而造成遠隔部位的梗塞。所以對於溶栓和取栓的患者，主要面臨出血和梗塞的風險；

2、去骨瓣減壓手術：對於部分腦血栓已經形成，尤其是大腦中動脈血栓造成大面積腦梗死的患者，有時需要進行神經外科的開顱去骨瓣減壓手術，有助於緩解患者的顱內壓增高，並且挽救腦疝。但術後患者仍然有可能出現長時間的意識障礙，甚至難以完全恢復意識，還有可能出現術後癲癇，術區出血，以及中樞神經系統感染的風險。