治療腦血栓的藥物較多，主要分成兩大類，一類是預防藥物、治療基礎病的藥物，另一類是發生了腦梗塞、腦血栓以後的治療藥物以及二級預防藥物，具體分析如下：

1、在沒有發生腦血栓之前要做好一級預防，一級預防就是針對患者的基礎病，如糖尿病、高血壓、動脈硬化、高脂血症、高同型半胱氨酸血癥等，運用藥物治療，包括阿司匹林、氯吡格雷、降糖藥、降脂藥、活血化瘀藥物等，這些藥物作為一級預防治療，治療、控制基礎病，就不會發生腦血栓；

2、一旦發生腦血栓，說明一級預防藥物運用的不合理、效果不好，腦血栓急性期治療有溶栓藥物，還可以有抗凝藥物、擴張血管藥物、保護腦細胞藥物、防止合併症的藥物、清除自由基藥物、營養支持腦細胞藥物等，到了康復期，進行康復治療的同時還要做好二級預防，控制基礎病，藥物可以繼續應用，臨床上常用的阿司匹林、氯吡格雷、丁苯酞、銀杏葉製劑、胞磷膽鹼、腦復康、依達拉奉，應該由臨床醫師針對病人開具處方使用，爭取好的預後。