腦血栓的常用檢查是顱腦CT檢查，可查看缺血後發生組織壞死的結構改變。當患者發生腦血栓後，通過顱腦CT檢查可能無法觀察到病灶，通常是由於以下情況導致：

1、急性腦血栓超早期：通常在6-72小時，尤其6小時內難以顯影。當血管堵塞後，需要一段時間才會發生細胞腫脹壞死並在CT上表達。所以6小時內難以發現明確的腦血栓壞死病灶，通常在6-72小時內可能會出現模糊的顯影，且需要專業人員仔細檢查才能夠發現；

2、微小血栓：臨床上稱為腔隙性腦梗死，即血栓阻塞的血管管徑較小，CT檢查可能難以發現；

3、特殊位置的血栓：若在後顱窩處出現血栓，由於骨頭的偽影干擾，難以發現明確的血栓病灶。