對於偏頭痛的患者，發生腦血栓，即缺血性腦血管病的幾率是正常人的2倍，偏頭痛對於不同的患者，發病率不同，而對於年輕患者、女性患者以及先兆持續時間＞60分鐘的患者，更容易導致缺血性腦卒中。目前發現部分存在卵圓孔未閉的患者，可以出現腦部微小栓塞，從而引起偏頭痛症狀，最終導致腦梗死的形成。

在部分單基因遺傳的腦小血管病中，有很多會合並偏頭痛的症狀。所以患者如果出現偏頭痛，尤其是伴有較長時間的先兆性偏頭痛，需要警惕是否存在缺血性腦卒中。對於單純腦梗死，頭疼的發生率不是很高。而對於後循環的梗死，則更容易出現頭疼的症狀。