腦血栓後遺症需積極控制腦血栓危險因素，主要是高血壓、糖尿病、高血脂。同時需用抗血小板聚集藥物，如阿司匹林、氯吡格雷等預防腦血栓並治療腦血栓後遺症。還有穩定斑塊的藥物，如阿託伐他汀、瑞舒伐他汀，也可有效改善血液循環而穩定斑塊，從而起到治療後遺症和穩定斑塊的作用。

除外，可用中成藥，如血塞通、三七通舒膠囊以及銀杏葉片，預防和治療後遺症症狀。還需通過飲食習慣調整，如低脂、低糖、低鹽飲食，需進食優質蛋白質和不飽和脂肪酸，如海產品，包括魚、蝦 、蟹等，還包括雞蛋、瘦肉、雞鴨肉等。同時需進行運動，主要以氧運動為主，包括快走、慢跑、游泳等，均可有效改善血液循環，預防腦梗後遺症。