最新治療腦血栓的方法，包括藥物治療和手術治療兩種方式。腦血栓尤其是急性腦血栓，臨床嚴謹的名稱為急性腦梗，最新的治療方式，首選廣泛推廣的溶栓治療。患者在發病後3-4.5小時內，若滿足臨床的入選標準和適應證，則可以考慮進行急診的藥物溶栓治療，包括愛通立的組織纖溶酶原激活物及尿激酶。

如果患者血栓負荷量較大，且溶栓過程中，不能進行血管溶栓再通治療，也可考慮手術進行橋接的血管內取栓治療，包括血管內導管抽吸治療，及支架介入取栓治療，對於急性期腦血栓患者，都是最佳的治療方式。患者一旦出現急性腦血栓症狀，則需就近、儘快到大的醫療中心，進行急診的檢查和治療。