一般先天性腦血栓好發於年齡小的患者，與後天的傳統性腦血栓不同，前者不容易治療，也不容易完全治癒。先天性腦血栓的原因，可能是少見的因素，比如血管畸形、血液系統疾病等，通常無法完全消除，所以此病可以反覆發作，症狀也會較重。

對於傳統的腦血栓，通過靜脈性溶栓、動脈性溶栓、輸液治療等，通常可起到較好的效果。在治療後的疾病慢性期，通過控制血糖、血脂、血壓，患者也可恢復得較好。