多數生殖細胞瘤對放化療敏感，由於病理活檢即手術或穿刺活檢屬於有創性檢查，目前多采用的臨床診斷方法為試驗性放療，很多可以經過放療治癒。部分顱內生殖細胞瘤需要手術，但腫瘤常位於腦中線結構，尤其是松果體、鞍區以及第三腦室等部位，手術可能對腦深部結構產生較大影響，術後容易引起腦積水，因此有時術後清醒時間可能較長。

但目前還沒有大的臨床試驗探索顱內生殖細胞瘤患者術後清醒時間的問題，一般與臨床醫生手術技巧、臨床經驗及個體差異性存在一定關係。一般在大的腫瘤中心、大神經外科等進行手術治療，往往效果較好。