腦囊蟲屬於寄生蟲感染，而腦腫瘤無論良惡性均屬於腫瘤。引起腦囊蟲的原因大部分能夠追溯，例如牧區接觸史，生食牛羊腦部，飲用牲畜汙染的水源等引起。部分地域喜歡生食，例如生食魚片、蝦等，這些都是寄生蟲的宿主，因此容易出現寄生蟲感染。

所以腦囊蟲和腦腫瘤屬於不同的疾病。對於腦囊蟲需要進行補體結合試驗，明確患者所在的地區，有助於進行診斷。核磁檢查存在相對特徵性的改變。