對於兒童腦腫瘤的手術治療方式大致可以分為兩種，常規的開顱手術，也就是如果孩患了腦腫瘤，醫生根據孩子的體徵，臨床表現，輔助化驗檢查，包括CT和磁共振等影像資料，能對於病變的性質有大致判斷。腫瘤如果存在手術指徵，可以選擇開顱手術，將腫瘤進行切除。但是有的時候可能醫生沒有推薦開顱手術，而是建議活檢，比如顱內病變，不能夠準確地判斷是腫瘤、炎症，這時為保險起見，醫生可能會建議先進行活檢，取一小塊很小的組織，損傷不大，但是有助於明確病理診斷，判斷病變的性質，指導後續治療。兒童的腦腫瘤位置很深，手術損傷非常大，比如對於腦幹的部位，可以先通過活檢的手術取腫瘤組織明確病理，得出病理結果以後可以指導後續進行放療和化療。

部分腫瘤本身不需要進行全切除，只要有腫瘤組織明確病理即可。比如生殖細胞瘤，取得病理組織以後，明確生殖細胞瘤，這種腫瘤本身不需要通過開顱手術將其完全切除。只要進行後續的放療和化療，能夠取得比較好的效果。