兒童腦腫瘤首先要進行臨床體徵的檢查，比如要測量孩子的身高、體重、頭圍、肢體活動情況、視力視野，檢查有沒有神經系統發育的異常。如果通過體格檢查，高度懷疑存在顱內的腫瘤，需要進行相應的實驗室檢查和特殊檢查。實驗室檢查比如要進行抽血化驗，有一些腫瘤存在腫瘤標誌物，比如生殖細胞瘤進行抽血化驗，可能血中的腫瘤標誌物升高。而特殊檢查則包括頭顱CT或者磁共振，一般CT應用的比較廣泛，因為價錢比較便宜，而且檢查比較迅速，完成頭部的CT，一般需要1-2分鐘即可。

對於年齡比較小、不太配合的患兒，做CT檢查比較簡單易行，但是CT的不足是對於解剖的信息提供的並不是特別充分，所以如果經過初步頭部CT檢查發現存在顱內腫瘤，下一步就要建議進行頭顱的磁共振增強掃描。頭顱磁共振能夠提供更詳細的信息，可以根據腫瘤的位置，在不同影像學上的特點和強化的特點，對於腫瘤的性質有大致判斷，幫助進行鑑別診斷。