松果體區腫瘤術後併發症，包括顱內出血、消化道出血、血液中電解質紊亂，低鈉血癥、高鈉血癥、垂體功能下降、中樞性高熱、尿崩症、腦脊液鼻漏等。如果腫瘤壓迫大腦大血管，可引起顱高壓症，壓迫四疊體可以引起雙眼上視不能、瞳孔對光反應消失、雙眼不能集合，以及步態不穩嗎，松果體區腫瘤可以引起下丘腦的損傷而導致尿崩症。

松果體區腫瘤的位置比較深在，與四疊體、下丘腦腦幹、小腦、大腦內靜脈、大腦大靜脈的關係比較密切。手術過程中操作比較兇險，容易損傷神經血管結構導致術後顱內出血、消化道出血、腦梗塞、大面積小腦共濟失調。腦積水引起腫瘤全切不完，容易引起梗阻性腦積水難以解除，即使術後進行腦室腹腔分流，但有些病人仍然可有術後顱內感染。

如果腦積水不能得到有效根治，腫瘤壓迫腦幹以及腦積水產生的繼發性損傷，也可以引起患者下丘腦障礙，導致長期嗜睡或者昏迷、植物生存狀態。