腦幹腫瘤以往被認為是手術禁區，因為腦幹在很小的範圍內集中許多神經核團、傳導束和網狀結構等，腦幹腫瘤多為浸潤性生長。

膠質細胞瘤手術難度比較大，易造成腦幹內重要結構損傷，手術致殘以及手術死亡率均較高，預後不良；隨著顯微外科技術的迅速發展，使腦幹手術效果明顯改善，儘管腦幹腫瘤手術仍有較大風險，但對於較侷限、呈結節狀或者囊性變分化較好的腫瘤應積極採取手術切除，其預後較好；良性腦幹腫瘤，採取全切除方式可以獲得根治效果。此類腫瘤的手術目的在於明確腫瘤的性質，恢復腦脊液的循環通道。

良性腫瘤全切或者次全切除術，對腺性細胞瘤一級、血管網狀細胞瘤或者結核球瘤等可望獲得徹底治癒；惡性腫瘤也可以進行全切或者次全切除術，部分切除術也達到充分的內減壓；膠質細胞瘤術後輔助放療或者化療，可以延長患者的生存期。