脊髓血管畸形手術的風險較大。因為畸形位於脊髓，脊髓常發生血管畸形位置在於頸髓和腰髓，有時胸髓也會發生。所有脊髓都存在重要功能，同時所有脊髓屬於中樞神經系統，不可再生，這兩個因素決定脊髓極其危險和重要。

雖然都屬於中樞神經系統，但局部屬於功能亞區，這些位置的操作較為安全。但是脊髓均為重要功能區，分離動靜脈畸形或經過供血動脈栓塞畸形團的過程中，使用不同的膠可能會滲漏到正常脊髓供應血管內部，可能會導致脊髓受損。脊髓受損後較難恢復，需要長期堅持康復治療，部分患者很難做到完全恢復。