腦癱入睡困難是由腦性癱瘓導致腦損傷和腦發育缺陷，腦損傷和腦發育缺陷可發生在出生前、出生時和出生後，常伴有癲癇、智力障礙、視覺障礙、聽覺障礙和語言障礙等五種合併症。比如癲癇，腦癱患兒伴有癲癇，大腦異常放電，導致神經系統興奮，所以睡覺不安穩，很難入睡。

外加有些孩子餵養困難，因孩子發育異常，比如口唇顎裂、無法吃奶、吞嚥困難導致飢餓，一直在重複餵養，但孩子沒有吃飽，因此一直哭鬧，導致孩子入睡比較困難，這種情況有時需要用胃管直接把食物打到胃內，以保證孩子的能量供應。