新生兒腦積水從治療角度而言有治癒可能性，對於嚴重腦積水已造成腦脊液循環通路梗阻時，則需區別對待，包括吸收性腦積水、腦炎後期的整個蛛網膜下腔。蛛網膜顆粒吸收嚴重受阻，腦室進行性增加，腦室周圍水腫戴帽徵較為明顯，且落日徵嚴重患者，臨床可判斷出腦脊液循環吸收無法達到自我平衡，此時需積極外科干預。

輕度腦積水僅表現為顱壓輕度增高，腦室有輕度戴帽狀表現，早期可採用相對溫和內科保守治療包括脫水、營養神經，從而改善顱內壓促進腦發育，為腦脊液吸收循環創造條件。疾病發展後期，需對患者腦積水吸收循環平衡能力進行客觀分析。

對於梗阻性腦積水，如果早期已發現腦脊液循環通路由於腫瘤、先天畸形、粘連等造成阻塞，此時腦脊液循環吸收功能較難達到自我平衡，必要時可通過三腦室體造瘻等微創手術促進腦發育，進一步改善腦功能。